Der Hochaltar der Jakobskirche, der Zwölfboten-Altar von 1466, zeigt in seinen Bildtafeln Szenen aus dem Leben Jesu und seiner Eltern Joseph und Maria. Darunter auch die rituelle Beschneidung des Jesuskindes durch einen Priester. Damit ist ganz eindeutig Jesus als Jude ausgewiesen und die Verwandtschaft zwischen Christen und Juden auch für Analphabeten öffentlich dargelegt. Auch in den prächtigen bunten Glasfenstern des Ostchores, es sind Bildwerke aus der Zeit um 1400, ist das friedliche Zusammenleben zwischen Juden und Christen, etwa in der Szene der Mannalese, dargestellt: Die Juden tragen ihre charakteristische Kopfbedeckung.
Im weltberühmten Schnitzaltar des Künstlers Tilman Riemenschneider auf der Empore im Westchor erfährt der vermeintliche Verräter Judas eine bis dahin ungeheure Aufwertung. Er steht in der Mitte der Szene des Abendmahls als einziger der Jünger Jesu aufrecht und wird in seiner Größe nur von Jesus überragt.
